Elles doivent leur brillance iridescente (proche de l'arc-en-ciel) à la réflexion et à la réfraction des couches superficielles translucides de nacre. La brillance est d'autant plus fine que les couches sont plus fines et nombreuses.
Les perles sont souvent blanches, parfois avec une teinte crème ou rose, mais peuvent être teintées en jaune, vert, bleu, marron ou noir. Les perles noires sont très chères car très rares ; leur production augmente toutefois sensiblement.
La valeur des perles est déterminée par leur brillance, leur couleur, leur taille, et leur symétrie. La brillance est le plus important des critères pour juger de la qualité d'une perle, mais plus la perle est grosse, plus elle se vend cher. Les grosses perles parfaitement rondes sont très rares, et très recherchées pour des colliers à plusieurs rangs.
La perle d'Allah parfois appelée perle de Lao Tseu est la plus grosse perle jamais découverte.