Ces termes ont des sens différents mais ils renvoient à des processus complémentaires. Une colonisation suit logiquement une conquête. On ne peut pas envoyer nos populations s'installer et vivre dans des territoires qu'on a l'ambition d'"administrer" (euphémisme pour éviter de dire gouverner) sans l'avoir, au préalable, emporté sur ces territoires: vaincu leurs défenses et détruit leur souveraineté.
Par contre, s'il y a eu de tout temps des colonisations, je pense que celle à laquelle on pense (celle de l'impérialisme du 19e siècle) revêt un sens particulier. Comme il a été dit, les temps ont changé. Dès l'époque moderne, un embryon de "droit international" a commencé à se former et il s'est renforcé au début du 19e avec le concert des Nations et les idées "d'équilibre des puissances" et d'interventionnisme collectif quand une nation a des velléités trop grandes d'expansion.
Entre ça et les premières proclamations des "droits de l'Homme," et "libertés fondamentales", en dépit de la part de supercherie qui s'y attachait quand il s'agissait de les appliquer concrètement à l'époque, on ne pouvait décemment plus, du point de vue éthique, penser et parler en terme de guerres de conquête - du moins en ce qui concerne la France. Une sémantique plus admissible a été préférée, avec l'emploi de termes comme "progrès" ou "mission civilisatrice".
Dans les faits, on sait tous qu'en définitive, il n'y a pas de grandes différences entre les méthodes utilisées à travers les âges : usage de la force, asservissement des peuples, occupation, prélèvements des richesses, ségrégation entre les indigènes et les arrivants etc, mais aussi parfois "assimilation" des peuples vaincus et octroi de droits similaires à ceux des conquérants. Suffit de faire le catalogue de toutes ces "modalités" pour chaque conquête et les comparer pour voir s'il y a eu du "progrès" . "Certains"

ont bien parlé de crime contre l'humanité pour l'Algérie, donc si on s'attend à une histoire linéaire...