En novembre 1991, peu après la disparition de l'URSS, Djokhar Doudaïev, jusqu'alors général soviétique et ami du président Boris Eltsine, proclame unilatéralement l'indépendance de la Tchétchénie et son retrait de la Fédération russe. Le pipeline transportant le pétrole de Bakou vers les ports russes de la mer Noire passe en territoire tchétchène, et des contacts ont déjà été pris avec les sociétés pétrolières étrangères. Au début, Moscou ferme les yeux sur la sécession et laisse faire Doudaïev, pensant qu'il veut, comme beaucoup d'anciens fonctionnaires communistes, profiter de la situation pour s'enrichir personnellement. Mais sur place, la situation se dégrade, des groupes armés se forment et s'attaquent à la population russe et aux Tchétchènes fédéralistes qu'ils accusent de trahison. Les chefs de clans et la mafia locale font la loi. Parallèlement l'islamisme wahhabite financé par l'Arabie Saoudite prend pied en Tchétchénie et tente de réislamiser une population indifférente ou terrorisée. A Moscou, la position de Eltsine s'affaiblit et l'influence politique de l'armée grandit.
Fin 1994, l'armée russe déclenche des opérations de grande envergure : c'est la première guerre de Tchétchénie. Après de très meurtriers combats de rues et d'intenses bombardements, la capitale Grozny n'est plus qu'un champ de ruines, d'où tente de fuir la population prise entre deux feux. En janvier 1995, les groupes armés tchétchènes se réfugient dans les montagnes. En juin 1995, ils portent la guerre à l'extérieur de la Tchétchénie, investissent un hôpital à Boudionnovsk, dans une province russe voisine, et prennent 2000 otages, qui ne seront libérés par l'armée qu'au prix de lourdes pertes. Le chef du commando terroriste, Chamil Bassaïev, parvient à s'enfuir. En janvier 1996, une action similaire a lieu au Daguestan voisin. Les extrémistes tchétchènes et leurs commanditaires veulent à tout prix étendre la guerre. En avril 1996, Doudaïev, trahi par son téléphone portable, est tué par un tir de missile russe.
La même année, bien que considérant qu'il s'agit d'un conflit purement interne, le gouvernement de Moscou accepte l'envoi d'une mission de l'OSCE en Tchétchénie. La Russie pense encore que cet organisme pan-européen peut constituer un pendant aux organisations pro-occidentales dont elle est tenue à l'écart. La paix revient ; les soldats russes se retirent. Des élections ont lieu, portant à la présidence Aslan Maskhadov, qui est alors un modéré, partisan d'une république autonome laïque et multiethnique.
Mais les islamistes ne l'entendent pas de cette oreille. Comme en Afghanistan, des combattants étrangers sont recrutés en masse pour aller faire la guerre sainte contre les "mécréants" russes et leurs alliés. Un des chefs mercenaires, le Jordano-Saoudien Khattab, a d'ailleurs combattu à Kaboul. Livré à lui-même, le régime de Maskhadov ne peut guère s'opposer à la déferlante intégriste : attentats, enlèvements, massacres, détournement systématique des fonds destinés à la reconstruction... En 1998, l'OSCE et les ONG présentes sur place quittent la Tchétchénie, personne ne pouvant plus garantir leur sécurité. Dans les régions qu'ils contrôlent, Bassaïev, Khattab et leurs complices imposent la loi islamique la plus stricte.
