En prenant le problème sous un autre angle :
La plupart des pays européens garantissent la liberté de culte, pas le culte en lui-même. Le culte en lui-même doit rester de l'ordre du privé. Pour éviter d'avoir une religion d'état qui sert d'étalon moral. Mais aussi pour éviter que l'état mette son nez dans la vie privée de ses citoyens.
Une entreprise, c'est bien privé. Ca appartient à quelqu'un. Ou à plusieurs personnes, mais limitons le cas d'un seul propriétaire.
Bref, une entreprise, c'est comme une maison. Si je t'invites chez moi et que je te dis "retire tes chaussures", ben, soit tu le fais, soit tu ne rentres pas chez moi. Ma maison, mon terrain, mes règles. Et bien sûr, il en va de même dans ta maison.
Si je te dis : je suis complètement athée, dans ma maison, personne ne prie (ce n'est pas vrai mais soit). Là encore, tu n'as pas beaucoup de solutions : rester et accepter les règles ou partir.
Évidement, je n'ai pas non plus le droit de faire n'importe quoi dans ma maison. C'est pas parce que tu es chez moi que j'ai le droit de piquer ton portefeuille. La loi du pays est toujours appliquée. Dans ton cas, il s'agit du droit du travail. Et, sauf bêtise de ma part parce que je ne connais pas bien le droit français, il ne me semble pas que le droit du travail exige de l'employeur qu'il fournisse à ses employés un lieu de prière.
Bref, c'est à la discrétion de l'employeur.