The UK and California variants of coronavirus appear to have combined into a heavily mutated hybrid, sparking concern that we may be entering a new phase of the covid-19 pandemic
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Les variantes britannique et californienne du coronavirus semblent s'être combinées en un hybride fortement muté, ce qui fait craindre que nous entrions dans une nouvelle phase de la pandémie de covid-19.
Par Graham Lawton
Deux variantes du coronavirus SRAS-CoV-2 qui cause le covid-19 ont combiné leurs génomes pour former une version hybride fortement mutée du virus. L'événement de "recombinaison" a été découvert dans un échantillon de virus en Californie, provoquant des avertissements selon lesquels nous pourrions être sur le point d'entrer dans une nouvelle phase de la pandémie.
Le virus hybride est le résultat de la recombinaison du variant B.1.1.7 hautement transmissible découvert au Royaume-Uni et du variant B.1.429 originaire de Californie et qui pourrait être responsable d'une récente vague de cas à Los Angeles car il est porteur d'une mutation le rendant résistant à certains anticorps.
Le recombinant a été découvert par Bette Korber au Laboratoire national de Los Alamos au Nouveau Mexique, qui a déclaré lors d'une réunion organisée par l'Académie des sciences de New York le 2 février qu'elle en avait vu des preuves "assez claires" dans sa base de données sur les génomes viraux américains.
S'il est confirmé, le recombinant serait le premier à être détecté dans cette pandémie. En décembre et janvier, deux groupes de recherche ont indépendamment rapporté qu'ils n'avaient vu aucune preuve de recombinaison, même si elle était attendue depuis longtemps car elle est courante dans les coronavirus.
Contrairement à la mutation régulière, où les changements s'accumulent un à la fois, ce qui est à l'origine de variantes telles que B.1.1.7, la recombinaison peut rassembler plusieurs mutations en une seule fois. La plupart du temps, celles-ci ne confèrent aucun avantage au virus, mais il arrive qu'elles le fassent.
La recombinaison peut être d'une importance majeure pour l'évolution, selon François Balloux de l'University College London. Beaucoup considèrent que c'est ainsi que le SRAS-CoV-2 a vu le jour.
La recombinaison pourrait conduire à l'émergence de nouvelles variantes encore plus dangereuses, bien que l'on ne sache pas encore très bien quelle menace ce premier événement de recombinaison pourrait représenter.
Korber n'a vu qu'un seul génome recombiné parmi des milliers de séquences et on ne sait pas encore si le virus se transmet d'une personne à l'autre ou s'il s'agit d'un cas isolé.
La recombinaison est courante chez les coronavirus parce que l'enzyme qui réplique leur génome a tendance à glisser du brin d'ARN qu'elle copie et à se réintégrer là où elle s'est arrêtée. Si une cellule hôte contient deux génomes de coronavirus différents, l'enzyme peut sauter de façon répétée de l'un à l'autre, en combinant différents éléments de chaque génome pour créer un virus hybride.
L'émergence récente de multiples variantes du nouveau coronavirus pourrait avoir créé la matière première pour la recombinaison, car les gens peuvent être infectés par deux variantes différentes à la fois.
"Nous en arrivons peut-être au point où cela se produit à un rythme appréciable", déclare Sergei Pond, de l'université Temple en Pennsylvanie, qui surveille les recombinants en comparant des milliers de séquences de génomes téléchargées dans des bases de données. Il affirme qu'il n'y a toujours pas de preuve d'une recombinaison généralisée, mais que "les coronavirus se recombinent tous, donc la question est de savoir quand, et non pas si".
Les implications de cette découverte ne sont pas encore claires car on sait très peu de choses sur la biologie du recombinant. Cependant, il porte une mutation de B.1.1.7, appelée Δ69/70, qui rend le virus britannique plus transmissible, et une autre de B.1.429, appelée L452R, qui peut conférer une résistance aux anticorps.
"Ce genre d'événement pourrait permettre au virus d'avoir couplé un virus plus infectieux avec un virus plus résistant", a déclaré M. Korber lors de la réunion de New York.
Lucy van Dorp, de l'University College London, déclare qu'elle n'avait pas encore entendu parler du recombinant, mais "ne serait pas trop surprise si certains cas commençaient à être détectés".
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